Основные препятствия в практике — болезни, желания и страсти, перерывы в практике. Йогин должен иметь решительность, подобную решимости героя, чтобы продолжать свою битву за Освобождение, и упорно вести практику с мужеством и настойчивостью.


В начале практики из-за того, что энергетические каналы нечисты, йогин может сталкиваться с физическими трудностями. У него могут появляться боли в теле или заболевания, которых у него раньше не было. Иногда он будет чувствовать потерю сил, иногда — лень и апатию, иногда — сильную слабость. Все эти трудности могут сильно досаждать йогину и останавливать его прогресс.


Когда ветры поднимаются по боковым каналам (иде и пингале), йогин чувствует интенсивное жжение. Когда поднятая Кундалини первый раз входит в центральный канал, в отверстии сушумны ощущается боль.
Если йогин начинает интенсивно выполнять пранаямы, мудры, поднимать огонь, он может ощутить боли в теле. Это связано с тем, что прана начинает поступать в те места, где каналы сужены или закупорены. Сужение и закупорка каналов вызывает застой или непроходимость пран-ветров через это место, а это ведет к нарушению циркуляции крови. Когда происходит перераспределение праны, и она пытается пробиться через закупоренные участки нади или через суженные места, йогин чувствует боль — это прана вытесняет нечистую энергию клеш из каналов, «сражаясь» с ней.
Во время пранаям боль может быть острой, а затем быстро исчезать. Это указывает на то, что прана в один момент пробила загрязненные или суженные каналы.  
В другом случае боль сопровождает обострение хронической болезни и длится днями или неделями. Она исчезает сразу, если йогин прекращает практику, и возобновляется, если йогин начинает практиковать. Если были ушибы, переломы, хронические воспаления, то при усилении праны в этих местах некоторое время будет чувствоваться боль. Иногда болит все тело, что указывает на многочисленные засоры в каналах. В этом случае следует мужественно продолжать практику и позволить энергии очистить все каналы до конца.
Если энергия проходит по каналам без препятствий, никогда нет ощущений боли или дискомфорта.


Тошнота может возникать при дисбалансе пран, когда все ветры поднялись к голове, а нижние чакры опустошены. В этом случае йогину нужно много ходить, есть плотную пищу и концентрироваться на трех нижних чакрах.
Другой вид тошноты связан с сильной работой огня, когда ветер не может подняться из-за засоров в каналах или плохой пищи. Здесь следует выполнять гаджа-карани-крийю.
Раскачивание, вибрации, дрожь и подпрыгивание тела
Если йогин напряжен и не умеет расслабляться, то ветер, поднимаясь, наталкивается на спазмированные участки в теле, тогда оно начинает сотрясаться. Иногда это сопровождается самопроизвольным сокращением ануса, эрекцией, втягиванием живота и мышц промежности (уддияна-бандхой и мула-бандхой). Иногда спина выгибается, а голова откидывается назад, трясется таз, вибрирует живот как при агнисара-крийя, трясутся плечи, иногда выворачивает шею, и закатываются глаза. При этом йогин чувствует себя нормально, он ощущает восходящий поток энергии. Он начинает подпрыгивать, сидя в позе лотоса, стоя в трайя-бандхе, и все тело ощущает вибрации. Некоторые называют это дардри-сиддхами — силой прыгучести, как у лягушки, и говорят, что эти ощущения предшествуют левитации. Они проходят, если йогин расслабляется или меняет позу. Если же он не может расслабиться, они утомляют и изматывают. Такие вибрации указывают на начальную стадию чистоты нади.
 

Иногда, если йогин интенсивно медитирует, но не умеет укореняться и объединяться с энергией красной капли (бинду) в нижних чакрах, энергия ветра может резко подниматься к верхним чакрам, и йогин может терять сознание. Это не опасно, через некоторое время он самостоятельно приходит в себя. Иногда он засыпает, потеряв сознание, а затем пробуждается. Чтобы привести человека в сознание, нужно сильно надавить на точку под носом у верхней губы.


Когда нечистые праны вытесняются из каналов, могут возникать сильные эмоциональные состояния или звуки — это освобождаются подавленные нечистые энергии йогина, уступая место чистой пране.